สืบเนื่องจากรัฐบาล ได้เล็งเห็นความสำคัญต่อการสนับสนุนการพัฒนากีฬาของชาติ ให้มีศักยภาพและสามารถดำเนินกิจการส่งเสริมกีฬาให้มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น ซึ่งการดำเนินการดังกล่าว สอดคล้องกับนโยบายรัฐบาลที่แถลงไว้กับรัฐสภา เมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน พ.ศ. 2540 กำหนดมาตรการเร่งรัดพัฒนามาตรฐานการกีฬาของประเทศอย่างเป็นระบบ รวมทั้งการส่งเสริมสวัสดิการบำรุงขวัญและกำลังใจของนักกีฬา หรือส่งเสริมการกีฬาของประเทศให้สู่มาตรฐานสากล ประกอบกับ สมาคมกีฬามีปัญหาหลักต้องเร่งแก้ไข โดยเฉพาะปัญหาด้านงบประมาณสนับสนุนสมาคมกีฬาที่ได้รับจากภาครัฐบาลไม่เพียงพอสำหรับการบริหารงาน และดำเนินกิจกรรมกีฬาให้มีประสิทธิภาพได้อย่างต่อเนื่อง

          จากเหตุผลดังกล่าวข้างต้น การนี้ รัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี (นายจุรินทร์  ลักษณวิศิษฏ์) ประธานกรรมการการกีฬาแห่งประเทศไทย ในขณะนั้น จึงได้เสนอเรื่อง “การจัดตั้งกองทุนพัฒนาการกีฬาแห่งชาติ” ให้คณะรัฐมนตรีพิจารณา ในคราวประชุมเมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2542 และคณะรัฐมนตรี ได้มีมติให้จัดตั้งกองทุน โดยให้อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของการกีฬาแห่งประเทศไทย

อนึ่ง ในการจัดตั้งกองทุนพัฒนาการกีฬาแห่งชาติ ครั้งนี้ จะไม่กระทบกระเทือนการบริหารงานของการกีฬาแห่งประเทศไทย แต่จะเป็นการเสริมให้การบริหารงานการกีฬาโดยรวมมีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น ซึ่งกองทุน เป็นหน่วยงานที่จัดอยู่ในประเภทเพื่อการสนับสนุนส่งเสริม ตามที่กระทรวงการคลังกำหนด มีภารกิจให้การสนับสนุนส่งเสริมการพัฒนากีฬาชาติไปสู่ความเป็นเลิศในระดับนานาชาติ ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากภาครัฐบาลปีละไม่น้อยกว่า 150 ล้านบาท  (มติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน 2550 เห็นชอบให้เงินงบประมาณประจำปี ไม่น้อยกว่า 150 ล้านบาท ทั้งนี้ ให้ขึ้นอยู่กับความจำเป็นในแต่ละปี โดยสอดคล้องกับกิจกรรมทางด้านกีฬาที่กองทุน ต้องสนับสนุนตามระเบียบหลักเกณฑ์

ต่อมาการกีฬาแห่งประเทศไทย ได้นำความกราบบังคมทูลทราบฝ่าละอองธุลีพระบาท โดยมีหนังสือเรียน ราชเลขาธิการ เรื่อง ขอพระราชทาน “ชื่อกองทุน” ซึ่งคณะรัฐมนตรี ได้มีมติเห็นชอบให้จัดตั้งกองทุน มีวัตถุประสงค์เพื่อประโยชน์ในการส่งเสริมสนับสนุนกีฬาของชาติ ตลอดจนเพื่อพัฒนาองค์กรกีฬาและสมาคมกีฬาให้มีศักยภาพยิ่งขึ้น เนื่องจากเห็นว่าการจัดตั้งกองทุนดังกล่าว จะสามารถเอื้อประโยชน์ต่อ วงการกีฬาของชาติให้มีความเจริญก้าวหน้าอย่างเป็นรูปธรรม ดังนั้น เพื่อเป็นสิริมงคลต่อการบริหารจัดการ กองทุน จึงได้ขอพระราชทานชื่อกองทุน ในการนี้ ราชเลขาธิการ ได้นำความกราบบังคมทูลพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานชื่อกองทุน ว่า “กองทุนพัฒนาการกีฬาแห่งชาติ” ตั้งแต่วันที่ 20 พฤษภาคม 2545”

กองทุนพัฒนาการกีฬาแห่งชาติเดิมที่จัดตั้งตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ 2542 ตามที่กล่าวมาแล้วข้างต้น กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา เห็นว่าเพื่อต้องการปรับปรุงข้อกฎหมายให้สอดรับกับการดำเนินงานในปัจจุบัน ซึ่งที่ผ่านมามีปัญหาในทางปฏิบัติมากมายไม่เหมาะสมกับสถานการณ์ปัจจุบัน รวมทั้งในส่วนที่เกี่ยวข้องต่อกองทุน จะทำให้กองทุนมีแหล่งงบประมาณมากขึ้นเป็นการแก้ไขการขาดแคลนงบประมาณในระยะยาว ทำให้การพัฒนากีฬาเกิดความต่อเนื่อง จึงมีนโยบายให้แก้ไขพระราชบัญญัติการกีฬาแห่งประเทศไทย พ.ศ. 2528 ดังนั้น คณะรัฐมนตรี ได้เสนอร่างพระราชบัญญัติการกีฬาแห่งประเทศไทยฉบับใหม่ ต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติ (สนช.) ในการประชุมครั้งที่ 2/2558 เมื่อวันศุกร์ที่ 9 มกราคม 2558 ที่ประชุมได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติ ดังกล่าวแล้วลงมติเห็นสมควรประกาศใช้เป็นกฎหมาย และด้วยพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติการกีฬาแห่งประเทศไทย พ.ศ. 2558 โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 132 ตอนที่ 21 ก เมื่อวันที่ 26 มีนาคม 2558 และมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันถัดจากวันประกาศในราชกิจจานุเบกษา คือ ตั้งแต่วันที่ 27 มีนาคม 2558

สำหรับในพระราชบัญญัติการกีฬาแห่งประเทศไทย พ.ศ. 2558 ตามมาตรา 133 กำหนดให้โอนบรรดากิจการ ทรัพย์สิน สิทธิ หนี้ ตลอดจนงบประมาณของกองทุนการศึกษาของนักกีฬาตามข้อบังคับการกีฬาแห่งประเทศไทย ว่าด้วยการบริหารกองทุนการศึกษาของนักกีฬา พ.ศ. 2547 กองทุนพัฒนาการกีฬาแห่งชาติตามระเบียบคณะกรรมการบริหารกองทุนพัฒนาการกีฬาแห่งชาติ ว่าด้วยการจัดการเงินกองทุนพัฒนาการกีฬาแห่งชาติ พ.ศ. 2548 และกองทุนสวัสดิการนักกีฬา ตามระเบียบคณะกรรมการบริหารกองทุนสวัสดิการนักกีฬา ว่าด้วยการบริหารการใช้จ่ายเงินกองทุน พ.ศ. 2545 ไปเป็นของกองทุนพัฒนาการกีฬาแห่งชาติตามพระราชบัญญัตินี้ จึงมีผลให้มีการรวมกองทุนกีฬาในการกีฬาแห่งประเทศไทยทั้งสาม กองทุน ได้แก่ กองทุนการศึกษาของนักกีฬา กองทุนพัฒนาการกีฬาแห่งชาติ และกองทุนสวัสดิการนักกีฬา ให้เป็น “กองทุนพัฒนาการกีฬาแห่งชาติ” เพื่อให้การบริหารงานมีประสิทธิภาพ ประกอบกับทั้งสามกองทุนมีภารกิจงานที่คล้ายคลึงกัน และมีที่มาจากการจัดตั้ง ดังนี้

1. 1. 1. กองทุนสวัสดิการนักกีฬา โดยการกีฬาแห่งประเทศไทย เป็นผู้จัดตั้งเมื่อปี 2532 ซึ่งคณะกรรมาธิการสวัสดิการสังคมและการกีฬา สภาผู้แทนราษฎร ได้ให้ความช่วยเหลือขอความร่วมมือจากการสื่อสารแห่งประเทศไทยออกตราไปรษณีย์ยากร และนำเงินมอบให้การกีฬาแห่งประเทศไทย ในปี 2533 เป็นเงิน 5,000,000 บาท
      2. กองทุนการศึกษาของนักกีฬา จัดตั้งตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 30 กันยายน 2540 ได้รับเงินประเดิมจากรัฐบาล รวมเป็นเงินทั้งสิ้น 41,171,075 บาท  ซึ่งเป็นเงินที่เหลือจ่ายจากการแข่งขันกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 18 และเงินจากกองทุนเพื่อการพัฒนากีฬา ซึ่งถูกยุบเลิกในขณะนั้น
      3. กองทุนพัฒนาการกีฬาแห่งชาติ จัดตั้งตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ 2542 ได้รับเงินประเดิมจากรัฐบาล เป็นเงิน 300,000,000 บาท